Тут поставлены такие вопросы, на которые можно дать множество ответов, каждый из которых будет являться лишь личным мнением отвечающего.
Наверное, каждый из тех, кто пробовал делать качественные факсимильные копии, хоть раз задавался такими вопросами. На мой взгляд, суть всех возможных разумных ответов сведется к тому, что надо стремиться к факсимильности, но без излишнего фанатизма. А грань, за которой наступает фанатизм, слишком индивидуальна.
Дальше мои имхи. С одной стороны, я стараюсь во главу угла поставить цель, которой пытались достичь издатели книги. То есть даже не автор, потому что автор уже сделал Текст, не художник, который уже сделал Иллюстрации, и все это произошло задолго до появления Книги. Текст и Иллюстрации являются единичным творением, произведением искусства, а собственно книга -- это отражение этих произведений. И не так уж и важно, что по факту получилось так, что созданный Текст всегда можно размножить в любом количестве экземпляров, и хуже он от этого не станет, а Иллюстрации (как и любая Картина) всегда останутся в одном-единственном оригинале -- это всё предмет совсем другого разговора. На мой взгляд, издатели хотели видеть своё творение -- Книгу (то есть отображение Текста и Иллюстраций) -- красивой, долговечной и функциональной. Если говорить более приземленно -- это значит без опечаток, на хорошей белой (как правило, но иногда даже и не белой) бумаге, с удобочитаемым и подходящим к Тексту шрифтом, четкой печатью, сочными яркими красками, с крепким удобным переплетом, etc. Многие, наверное, читали книгу Жюля Верна "Путешествие к центру Земли" -- в самом начале ее есть замечательная сцена, где профессор Лиденброк восторженно описывает старинную исландскую книгу, и сразу становится ясно, что настоящий Издатель создал великолепную Книгу, и спустя века для нее (и для него) нашелся настоящий Читатель.
Об опечатках. Вряд ли издатели мечтали об опечатках, поэтому некоторые из опечаток можно исправить прямо в тексте книги, но лишь в том случае, если эти исправления не собьют строки. Чтобы по возможности достичь единообразия (то есть опечатки либо все исправлены, либо все не исправлены), в случае с исправлением можно использовать как минимум две удобные возможности: 1) для любой книги можно поставить метку на опечатке, а в текст метки поместить исправление, 2) для черно-белой (точнее, чисто "масковой") книги можно написать исправление, причем можно даже каким-нибудь ярким цветом, и поместить его в фон на место с опечаткой (тогда в любом нормальном вьюере будет видно исправленный текст, а исходный текст можно будет увидеть, просто отключив отображение фона (Ctrl+Shift+2 в WinDjView). Если э-книга будет содержать как оригинальный текст с опечатками, так и исправленный текст, то факсимильность и функциональность взлетят до невообразимых высот (а вдруг, в конце концов, в каком-нибудь тридцатом веке статистика опечаток много чего сможет сказать историкам о нашем времени
).
О списке опечаток. Я предпочел бы вложить в э-книгу листок со списком опечаток именно того же размера, что и оригинал. Причем вместе с оборотной стороной, чтобы удобно было листать страницы в режиме разворотов. Возможно, со временем ПО научится отображать развороты как надо (например, создателю э-книги будет предоставлена возможность любой странице директивно задать признак "четная" или "нечетная"), но до этого разработчики программ могут и не дойти никогда. Изменение размеров листка с опечатками мне не нравится, потому что сделать его оригинального размера очень легко, а факсимильность сразу резко повысится.
О нумерации вклеек. Так как я считаю, что нумерация страниц должна быть возложена на софт, а факсимильность превыше всего, то просто поступаю так, как мне удобно. Если между 128 и 129 страницами есть 4 страницы вкладок, то нумерую файлы так: "..., 127, 128, 128i1, 128i2, 128i3, 128i4, 129, ...". В качестве разделителя номера страницы и номера вкладки можно использовать любую букву или символ, а я исторически использую "i" от слова inlay. Тогда в списке файлов все вкладки легко заметить, выдернуть, обработать отдельно от обычных страниц и положить обратно.
О цветном бумажном обрезе. А это уже излишний фанатизм. Толком эту вещь в э-книге не воспроизвести, разве что если книга "прокрашена" по обрезу на несколько миллиметров (тогда это уже настоящий элемент оформления, почти что иллюстрация). Так что к этому проще отнестись философски, как к элементу бумажной книги, не воспроизводимому в э-книге (точно так же, как к фактуре тканевого переплета и к шелесту страниц при перелистывании).