Рассматривается один из методов без использования CS (ClearScan). Максимально автоматизировано. Все проблемки решились с помощью добрых людей
.
Слоёв может быть сколько угодно много.

Видео метода: http://youtu.be/egJ8IxCxbIg

Скрипт MultiPageImporter для PDF
Там две версии: до CS4 включительно и от CS5 и выше.
Второй скрипт ImageCatalog - поставляется стандартно вместе с программой.
Общий цикл действий:
1. Из цветных делаем многостраничный ПДФ
2. Сначала расставляем битмапы используя ImageCatalog
3. Создаём новый слой и используя второй скрипт  MultiPageImporter расставляем цветные картинки
4. Меняем слои местами, чтобы цветные оказались под битмапами.
5. Делаем экспорт в ПДФ.

З.Ы. 1. Можно в конечном экспорте в ПДФ поставить беспотерьное сжатие а-ля ZIP, т.к. при большой публикации (больше 2 ГБ) всё может повиснуть. Конечно, можно выводить блоками страниц, сжимать их, а потом соединять в один файл.

2. Чтобы размер страницы сразу соотвествовал размеру картинки, нужно в самом начале установить в ИД "размер документа" равным размеру страницы, тогда не придётся делать кадрирование в конце.

Файлы представлены woodyfon