Посмотрел программу ABBYY PDF Transformer+.
В принципе к программе стоит присмотреться. Конечно, я до конца всех нюансов проги не знаю, но то что увидел понравилось.
Можно делать/вставлять OCR не трогая изображений, можно оптимизировать изображения, но тут затык - регулировки сжатия, мягко выражаясь, минимальны и нет сегментатора, т.е. картинка страницы кодируется полностью. При "оптимизации" кодирует в JPEG2000 при 150 ppi. Подсовывал PDF 600 ppi c ZIP сжатием (вес 1,9 гига, 150 страниц), после всех оптимизаций и OCR вышло 6 мегов и "не подавился". Пропущенные через ClearScan пока не пробовал.
Пока только приглядываюсь, как в анекдоте про японскую чудо-пилу.

Сравнение различий с ABBYY PDF Transformer 3