Кандидат биологических наук. В 1964 г. окончил Ленинградский университет, после чего в течение 40 лет работал в Институте цитологии и генетики СО АН СССР (позже - РАН); последние 14 лет руководил лабораторией экспериментального моделирования эволюционных процессов. В течение 15 лет читал курс лекций по общей генетике в Новосибирском университете. Научные интересы В.А. Бердникова связаны с эволюцией белков, хромосом и морфологических структур. Он является автором более 100 статей, опубликованных в отечественных и зарубежных журналах, а также научно-популярной книги «Эволюция и прогресс» (Новосибирск, 1991).