Само ничего не сольется с пустышками. Ключевое слово: дать команду merge после обработки. После обработки, Карл, не просто после импорта

Пустые страницы после импорта в последних версиях будут если:
1) в окне импорта включена галка на use original pdf size. В прошлых версиях такой опции не было. Из-за этого после импорта размеры страниц могли не совпадать с тем, что было в pdf. Чуть ниже объясню почему.
2) Даже если галка отключена, пустышки (подложки) появляются, если размер страницы pdf не совпадает с областью, занимаемой всей совокупностью изображений, расположенных над ней.
Чтобы было понятно как pdf хранит страницы: для каждой страницы создается канва определенного размера (в дюймах или мм, не важно, но не в пикселях). Поверх этой канвы pdf располагает (рисует) разные изображения или объекты. Порядок расположения может быть абсолютно произвольным. Может сначала идти ч/б изображение 600dpi с текстом, а сверху картинки. Может быть и совсем наоборот (как в djvu): сначала например 300dpi слой с картинками, а поверх слой текста (с прозрачностью на месте фона).
Так вот, если картинки полностью покрывают размер канвы, то СК не будет создавать пустышку, он оптимизирует страницу, превращая самую большую ч/б составляющую в основную страницу (и то при условии, что в z-порядке она самая нижняя). Если же размеры не совпадают (бывают что очень сильно, но для СК достаточно и доли мм), или z-порядок сильно перемешан (т.е. смесь слоев со сложными масками прозрачности), то СК как бы создает аналог пустой канвы, а поверху помещает зонами все остальное (т.е. в точности как в pdf). И уже пользователю решать, что с этим делать, раз уж создатель pdf зачем-то так сделал. Обычно это делается, чтобы обеспечить наличие белых полей, которых нет например на самом изображении.
Надеюсь, понятно объяснил.
В прежних версиях СК не соблюдал размер канвы pdf-страниц, поэтому результат импорта мог сильно отличаться в части размеров страниц от того, что наблюдалось при просмотре pdf. На этот счет я получал жалобы от пользователей. Сейчас я это исправил, но теперь и пользователю придется напрячь мозги, чтобы решать что с этим делать.